Развитокот на информатиката секојдневно предизвикува промени во начинот на живеењето на луѓето во модерното-информатичко општество. Ваков динамичен раст и развој на информатиката и нејзината примена во сите аспекти во работата и на животот на луѓето внесува потреба од висококвалитетен и обучен кадар од областа на компјутерските науки, способен да одговори на предизвиците на својата професија.

Факултетот за информатика образува кадри способни да покажат познавања, професионалност и експертиза во дисциплините компјутерско инженерство, софтверско инженерство, бизнис информатика и информатичко образование во прв циклус на студии и компјутерско инженерство, софтверско инженерство и бизнис информатика во втор циклус на студии.

Мисијата на факултетот е овозможување комплетна образовна и научна средина во која се изведува современа и квалитетна настава како примарна цел за подготовката на студентите за успешна кариера, постдипломски студии и доживотно учење. Образовниот процес се изведува преку настава со користење на современа технологија, овозможување на практично искуство на студентите, обновуање на професионални вештини и бази на знаења, како и размена на активности и на знаење со други стручњаци.

Факултетот за информатика при Американскиот универзитет на Европа-ФОН на првиот циклус на студии подготвува инженери по информатика со три основни специјалности: компјутерско инженерство, софтверско инженерство, бизнис информатика како и дипломирани професори по информатика. Студиите се организирани по модел 4+1 каде што основните студии од 1 циклус имаат времетраење од 4 години. Профилирањето на специјалностите се изведува преку избирање на групи изборни предмети организирани во модули. На тој начин на студентот му е овозможен пофлексибилен и поефикасен избор на соодветни предмети релевантни за определна дисциплина и можност да се произнесе во стручњак за определена област од информатиката.

По завршувањето на 4-те години, студентите се здобиваат со звање дипломиран инженер по Информатика и дипломиран професор по информатика. Постдипломските студии ја опфаќаат 5-тата година и се составени од области кои го оспособуваат кандидатот за самостојна научноистражувачка работа од областа на компјутерските науки. По одбраната на магистерскиот труд, кандидатот се здобива со звање магистер на информатички науки (за софтверско инженерство или компјутерско инженерство) или магистер по бизнис информатика, во зависност од насоката која ја избрал.

Преку дополнителните проекти кои ги организира АУЕ-ФОН, како што е на пример проектот „Фабрика на знаење“, студентите во текот на студирањето го стекнуваат искуството што им е потребно после завршувањето на своите студии, кога треба теоријата и праксата која ја стекнале на факултетот да ја преточат во успешна професионална кариера.